encima -> przysłowek
en, sobre -> przyimki
Różnica między przysłowkami miejsca a przyimkami jest taka sama jak w języku polskim. Jedne same w sobie coś znaczą a drugie potrzebują towarzystwa aby miały sens. Problem w tym, że hiszpańskie przyimki mają wiele znaczeń zaleznie od kontekstu i często stosowane są w innym znaczeniu niż po polsku.
W hiszpańskim mamy kilka konstrukcji przysłówkowo-przyimkowych, które mogą zastąpić czasem przyimki.
Podany przez ciebie "encima" tworzy konstrukcję "encima de" i może zastąpić przyimek "sobre" w obu jego znaczeniach (na powierzchni//ponad powierzchnią czegoś) ale nigdy gdy mamy do czynienia z przenośnią.
Wracając do twego pytania, przyimek "en" z przysłówkiem "encima" nie ma nic wspólnego ale z konstrukcją przysłówkowo-przyimkową już ma bo czasem wszystkie trzy możliwości (en-sobre-encima DE) będą poprawne w tej samej sytuacji.
Natomiast gdy mamy dwuznaczność (np. "en la arena) to "en" można zastapić bardziej precyzyjnymi "dentro de" (w/wewnątrz) lub "sobre" (na/na powierzchni) .