Te zmiany wywodzą się z łaciny, ale żeby je 'ogarnąć' w hiszpańskim trzeba ją znać. Wydaje mi się, że poprostu trzeba się nauczyć, które czasowniki mają zmianę 'e' na 'ie', które 'e' na 'i' itd. Potem odmiana przychodzi naturalnie.
Są też czasowniki, w których jedna forma jest defektywna: 'tener' (yo tengo), venir (yo vengo).
Inną grupę stanowią całkiem nieregularne czasowniki, np. 'ser'.
Ja korzystałem z tej strony (interfejs po angielsku): http://www.languageguide.org/spanish/grammar/conjugations/stem_changes.jsp
Na dole masz link do 'practice', żeby poćwiczyć koniugacje (widzę, że ją znacznie ulepszyli od 'moich czasów' :)). Sporo się z niej nauczyłem, może i Tobie przypadnie do gustu.