Ja bym powiedziała: Que bien que hayas vuelto (musi być subjuntivo), te eché/he echado mucho de menos. (había hecho to od hacer, a fraza oznaczająca 'tęsknić' to 'echar de menos').
Nie ma takiego następstwa czasów jak w poprzednim zdaniu, gdzie była przeszłość zamknięta (wczoraj: spałem, myślałem) i 'za-przeszłość' (widziałem - wcześniej, zanim położyłem się spać).
To drugie zdanie: Jak dobrze, że wróciłeś (p. perfecto, ponieważ jest związek z teraźniejszością), tęskniłem - czynność ciągła w przeszłości (aż do teraz), wydaje mi się, że można użyć zarówno p. indefinido (eché), jak i p. perfecto (he echado), ale na pewno nie jest to czynność zaprzeszła, stąd p. pluscuamperfecto nie pasuje.