Llover o Esta lloviendo

Jaka jest różnica między tymi formami? Mi się wydaje że "llueve" opisuje ze generalnie pada, a "esta lloviendo" to że w tym momencie.

Tak, podkreślasz w ten sposób, że cos sie dzieje w momencie mówienia. O tej peryfrazie i zastosowaniach Gerundio pisałem m. in. w tym wątku:
http://www.hiszpanski.ang.pl/forum/pomoc-jezykowa/207504